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본 연구소가 개소한 1994년 당시 국내의 일본 관련 상황은 일본대중문화도 개방되지 않은 시기이며, ‘일본학’이라는 말 자체가 아직은 낯선 시기였다. 즉 일본학의 기반이 질적으로도 양적으로도 매우 미비한 채 오로지 일본학 연구의 필요성만이 강조되던 시기였다. 이러한 시대적, 사회적 상황 하에 개소한 본 연구소가 한국사회와 학계에 공헌하는 길은 일본학의 기반을 다지는 일에 앞장서는 것이었다. 이를 위해서 본 연구소는 일본학총서, 일본현대문학대표작선, 테마연구 한국·일본, 翰林日本學으로 구성된 출판사업에 심혈을 기울여 왔다. 즉 기초적인 문헌의 제공을 통한 일본학의 토대를 마련하고자 했던 것이다.

지난 16년 동안의 결실로 2011년 8월 현재 총 159(단행본 141, 잡지 18)권에 이르는 방대한 간행실적을 축적하였으며, 이는 질적으로나 양적으로나 타의 추종을 불허한다. 이 숫자는 1년에 약 9.4권을 간행하였으며, 한 달에 약 0.8권을 간행하는 일을 17년 동안 지속했다는 뜻이다.

한편 일본학총서는 100권까지를, 일본현대문학대표작선은 40권까지를 제1기 사업으로 추진하며, 이후 일본학연구총서, 일본학신총서, 일본학자료총서라는 새로운 기획이 제2기 사업으로 본 연구소 출판사업의 목표와 의의를 승계, 발전시키게 된다.

일본인 학자가 일본, 일본인에 대해서 집필한 서적을 국문 역서로 간행하는 사업은 1992년 당시 국내에 일본학 관련 문헌이 거의 없었던 시기에 일본에 대해서 알려는 대학생이나 일반인에게 양질의 도서를 공급하는 것을 목적으로 시작하였다. 대중성을 추구할 수 없는 서적이기에 재정적으로 어려움도 많았으나 100권 완간을 목전에 두고 있다.

일본인을 이해하고 일본을 파악하기 위해서 그들의 문학작품 중 시장성 때문에 상업출판사에서는 도저히 간행하기 어려우나 일본적인 냄새가 물씬 나는 작품들을 선별해서 국내에 공급하려는 취지에 의해서 시작된 시리즈이다.

본 연구소의 일본연구의 하나의 결과물을 총서형태로 간행한 것이며, 〈한국 근대 지식인의 민족적 자아형성〉, 〈일본 지역연구(상·하)〉, 〈한일 관계사 연구〉로 구성되어 있다.

10권 내외로 구성되는 주제별 연구총서이며, 첫 번째 주제는 〈제국일본의 문화권력〉이다. 1기 사업인 일본학총서가 일반인을 포함한 폭넓은 독자를 대상으로 일본학에 관한 기본적인 양서를 제공하는 것이 목적이었다면 일본학연구총서는 보다 전문화된 연구소의 연구성과를 제공하는 것을 목적으로 한다. 제국일본과 관련한 근대기 일본 지식인의 저작의 번역과 연구논문 등으로 구성된다.

1기 사업인 일본학총서의 독자대상을 그대로 답습하고 사업 목적도 기본적으로는 답습하되, 시대의 요구와 흐름에 능동적으로 대처하면서 필요한 양서를 제공하는 방식으로 기획하였다. 10권~20권 정도의 시리즈로 편성된다.

본 저널은 국내는 물론이고 일본의 주요대학 도서관에도 배포하고 있는데, 이는 일본학은 문제의식이든 연구성과든 한·일 양국이 공유할 때 그 진정한 의미가 있다는 입장을 본 연구소가 취하기 때문이다. 이러한 입장에 서는 본 연구소는 지난 16년 동안 한·일 관계사와 교섭사를 역사, 문화, 사회 등의 분야를 중심으로 학문적 교류의 장으로서의 역할을 다하기 위해서 노력해왔다. 현재 한국연구재단 등재지이며, 1년에 2회 발행한다.